Wstępne rozmowy o powołaniu muzeum mogilscy cystersi prowadzili już w latach 70. XX w. z inicjatywy o. Hugona Leszczyńskiego. Być może tego typu idee zrodziły się i wcześniej, jednak nie ma źródeł, które by o tym mówiły. O. Hugo nie miał wątpliwości co do tego, że spuścizna zakonu jest na tyle obszerna i wartościowa, że powinno się prezentować ją lokalnej (i nie tylko) społeczności.

Opactwo Cystersów w Mogile nieustannie od 1222 r. gromadzi różnego rodzaju dzieła sztuki – począwszy od dokumentów pergaminowych, poprzez cenne księgi, złotnictwo, tkaniny liturgiczne do obrazów i rzeźb głównie o charakterze sakralnym, często nawiązującym do historii i osiągnięć zakonu.

Do powołania muzeum konieczne były jednak spore środki finansowe, których mogilscy mnisi niestety nie posiadali, dlatego idea o. Hugona mogła stać się realną dopiero 20 lat po jego śmierci, dzięki funduszom unijnym oraz dofinansowaniom państwowym.

W 2014 r. decyzją o. Piotra Chojnackiego złożony został wniosek o dofinansowanie projektu. Realizacja trwała niemalże 7 lat i wiązała się z przebudową istniejących pomieszczeń parterowych w części klasztoru zwanej pałacem opata i zaaranżowaniem ich na sale ekspozycyjne.