Tematem wystawy prezentowanej w Muzeum są duchowość i kultura zakonu cystersów, ukazywane poprzez pryzmat wniesionego w rozwój Europy wkładu materialnego, jak i jej niematerialnego dziedzictwa. Wystawa ukazuje spuściznę cystersów zarówno w szerokim kontekście historii całego zakonu, jak i w wymiarze lokalnym, w odniesieniu do dziejów opactwa mogilskiego.
W Muzeum można zobaczyć najcenniejsze dzieła sztuki ze zbiorów i opactwa mogilskiego, a także najbardziej wartościowe obiekty pochodzące z księgozbioru biblioteki klasztornej. Wystawa ma częściowo charakter multimedialny, a niewątpliwą atrakcję stanowią makiety architektoniczne obiektów cysterskich, często będące modelami interaktywnymi.
Do Muzeum zapraszamy zarówno gości indywidualnych, jak i grupy zorganizowane.